Joana (C.) Moreira de mello
Mitarbeiter | Bioinformatik
Erfahrungen
Mitarbeiter | Bioinformatik
Projekt: DNA do Brasil
- Durchführung groß angelegter Genomdatenverarbeitungen, um ein populationsspezifisches Referenzgenom für Brasilien zu erstellen.
- Identifizieren und Annotieren unterrepräsentierter Varianten und mutmaßlicher Loss-of-Function-Varianten.
- Zusammenarbeit mit interdisziplinären Teams aus Genetikern und Computational-Biologen.
Datenwissenschaftler | Bioinformatik
Leyden Labs
- Entwarf und pflegte reproduzierbare Workflows für Single-Cell-Transkriptomik und virale Genomanalyse.
- Erstellte und optimierte Pipelines für die Analyse viraler Genome (Ausrichtung, Variantenerkennung, Stammerkennung).
- Integrierte große öffentliche Datensätze in einen Atlas zur Zielerkennung und erzeugte umsetzbare visuelle Erkenntnisse für die F&E-Leitung.
- Lieferte technische Dokumentation, Studienberichte und Visualisierungen für bereichsübergreifende Teams.
Postdoktorand | Bioinformatik
Erasmus MC
- Entwickelte und teilte reproduzierbare R-Markdown-Workflows für Karyotypisierung, allelspezifische Expression und Transkriptomik.
- Verarbeitete und analysierte groß angelegte Genom- und Einzelzell-RNA-Seq-Datensätze für gemeinsame Forschungsprojekte.
- Leistete technischen Support für Bioinformatik-Software, Tools und NGS-Analysen.
- Erstellte klare Datenvisualisierungen und Dokumentationen zur Erleichterung der interdisziplinären Kommunikation.
Postdoktorand | Genomik & Epigenomik
Universität São Paulo
- Untersuchte den epigenetischen Zustand des X-Chromosoms in Embryonen der Präimplantationsphase von Menschen und nicht-menschlichen Primaten mittels Einzelzell-RNA-Seq.
- Verbesserte Pipelines für scRNA-Seq-Qualitätskontrolle, Mapping, Variantenerkennung und allelspezifische Genexpressionsanalyse.
- Behebte Probleme in Bioinformatik-Pipelines und optimierte Workflows.
- Betreute Doktorand:innen in Bioinformatik-Methoden und Versuchsdesign.
- Publizierte zentrale Erkenntnisse zur X-Chromosomen-Inaktivierung und Dosiskompensation in führenden Fachzeitschriften.
Zusammenfassung
Computational-Biologe mit umfassender Erfahrung in der NGS-Datenanalyse, in Einzelzell- und Bulk-Transkriptomik sowie in der Entwicklung von Bioinformatik-Workflows. Erfahren in der Konzeption skalierbarer und reproduzierbarer Pipelines, der Integration groß angelegter Multi-Omics-Datensätze und der Erstellung klarer Visualisierungen für unterschiedliche Forschungsteams. Erfahren in enger Zusammenarbeit mit Laborwissenschaftlern, um Biologie und Informatik zu verbinden, einschließlich Datenintegration und Visualisierungsansätzen. Ich schätze multidisziplinäre Umgebungen, die technischen Aspekte der Workflow-Entwicklung und Datenanalyse und bin engagiert für Teamarbeit, kontinuierliches Lernen und den Einsatz meiner Fähigkeiten, um die Wissenschaft voranzubringen und die menschliche Gesundheit zu verbessern.
Fähigkeiten
Workflow-entwicklung & Reproduzierbarkeit: Nextflow, Docker, Conda, Linux Hpc, Google Cloud.
Programmierung & Analyse: R (Tidyverse, Shiny, Rmarkdown), Python (Pandas, Matplotlib, Seaborn), Bash.
Ngs- & Omics-datenanalyse: Einzelzell- Und Bulk-rna-seq, Wgs, Epigenomik Und Array-daten.
Datenintegration & Visualisierung: Multi-omics-harmonisierung, Biomarker-entdeckung, Interaktive Visualisierungen Und Benutzerdefinierte Berichte.
Datenintegration & Biomarker-entdeckung: Kuration Öffentlicher Datensätze, Harmonisierung Und Explorative Analyse.
Zusammenarbeit & Berichterstattung: Interaktive Visualisierungen, Studienberichte Und Bereichsübergreifende Teamarbeit.
Programmierung & Scripting: R, Bash, Shell, Python.
Ngs & Variantenanalyse: Gatk, Bcftools, Vcftools, Vep, Loftee, Shapeit, Star, Bowtie2, Bwa, Varscan.
Transkriptomik & Einzelzellanalysen: Seurat, Scanpy, Deseq2, Edger.
Workflow-entwicklung: Nextflow, Hpc, Google Cloud.
Containerisierung & Umgebungen: Docker, Anaconda.
Datenvisualisierung: Ggplot2, Plotly, Shiny, Matplotlib, Seaborn.
Kontinuierliches Lernen: Immer Neue Tools, Um Meine Fähigkeiten Auszubauen.
Sprachen
Ausbildung
Universität São Paulo
Master in Biowissenschaften (Genetik) · Biowissenschaften (Genetik) · São Paulo, Brasilien
Universität São Paulo
Promotion in Biowissenschaften (Genetik) · Biowissenschaften (Genetik) · São Paulo, Brasilien
Universität São Paulo
Bachelor in Biowissenschaften · Biowissenschaften · São Paulo, Brasilien
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Inhaltsersteller und -prüfer – KI-Trainer – Experte für Biologie und Grundlagen der medizinischen Wissenschaft
Wissenschaftler für Pflanzenpathologie
Autor/Designer
Technischer Redakteur
Forschungswissenschaftler
KI-CTO & Mitgründer
Leiter Workshop „Einführung von KI Entwicklungstools“
Innovationsmanager
