Marta Ferreira
Doktorandin
Erfahrungen
Doktorandin
University of Porto / i3S
- Entwicklung des Projekts "Multi-Tool-Integration zur umfassenden Charakterisierung und Validierung genomischer und transkriptomischer Daten" (voraussichtlich Nov. 2025)
- Schwerpunkt auf automatisierten Pipelines für WGS- und RNAseq-Daten, Integration mehrerer Variantencaller zur Verbesserung der Genauigkeit der Genomanalyse
Wissenschaftliche Mitarbeiterin
University of Minho / i3S
- Mitarbeit an EU-geförderten Projekten (GenomePT, MISTiC) und Unterstützung bei der Entwicklung von Rechen-Workflows für die Analyse von Hochdurchsatz-Sequenzierungsdaten
Forschungstechnikerin
i3S – Institute for Research and Innovation in Health
- Entwicklung und Optimierung bioinformatischer Pipelines im Rahmen des nationalen GenomePT-Projekts zur Unterstützung der Krebsgenomik- und Seltene-Krankheiten-Forschung
Fachpraktikum
Instituto de Medicina Molecular (IMM)
- Durchführung von RNAseq- und NET-seq-Datenanalysen mit verschiedenen bioinformatischen Tools
Pflichtpraktikum
Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA)
- Analyse von Whole-Genome-Sequencing-Daten von lebensmittel- und wasserbürtigen Krankheitserregern für Studien zur Überwachung der öffentlichen Gesundheit
Zusammenfassung
Marta Ferreira, MSc ist Doktorandin im Bereich Bioinformatik in der Gesundheit an der Universität Porto / i3S und verfügt über mehr als sieben Jahre Forschungserfahrung in Genomik, Transkriptomik und der Entwicklung bioinformatischer Tools. Ihre Arbeit konzentriert sich auf das Entwerfen und Implementieren automatisierter Pipelines für Whole-Genome-Sequencing (WGS)- und RNAseq-Daten, mit der Integration mehrerer Variantencaller zur Verbesserung von Genauigkeit und Reproduzierbarkeit. Sie hat zu mehreren nationalen und europäischen Forschungsprojekten in der Krebsgenomik, Seltenen Krankheiten und Präzisionsmedizin beigetragen, darunter SOLVE-RD, LEGOH, MISTiC und GenomePT.
Marta ist versiert in Python, R und UNIX/Shell-Scripting, hat zusätzliche Erfahrung mit NGS-Analyse-Tools und Multi-Omics-Datenintegration und erweitert derzeit ihr Fachwissen in Nextflow und SQL. Sie hat als Co-Autorin 13 begutachtete Publikationen in internationalen Fachzeitschriften wie Gut, Brain Communications und Gastric Cancer veröffentlicht. Neben ihrer Forschung unterrichtet und betreut sie aktiv Studierende und hat mehrere Workshops und Doktorandenschulungen zu Bioinformatik und Omics-Datenanalyse organisiert.
Ihre Stärken liegen in technischer Innovation, analytischer Problemlösung und kollaborativer Forschung zwischen computergestützten und experimentellen Teams, wodurch sie eine vielseitige und motivierte Bioinformatikerin mit hohem Engagement für wissenschaftliche Exzellenz ist.
Fähigkeiten
Programmierung Und Technische Fähigkeiten
- Versiert In Python, R Und Unix/shell-scripting Für Bioinformatik Und Datenanalyse.
- Erfahrung Mit Next-generation-sequencing-(ngs)-analyse-tools, Einschließlich Fastqc, Bowtie, Bwa, Samtools, Picard, Tophat, Kallisto, Htseq, Lumpy, Delly, Gridss Und Spades.
- Praktische Erfahrung In Der Verwaltung Von Rechen-workflows Auf Hpc-clustern Und Ubuntu-basierten Servern.
- Erfahren In Der Entwicklung Und Automatisierung Von Bioinformatik-pipelines; Erweitert Aktuell Ihr Wissen Zu Nextflow.
- Vertraut Mit Versionskontrollsystemen (Git/github) Und Datenbankressourcen Wie Genome Browser, Tcga, Gtex, Ensembl Und Bioportal.
- Grundkenntnisse In Sql Und Datenvisualisierung Mit Tableau.
- Zusätzliche Erfahrung Mit Matlab, C-programmierung Und Prozessanalysetools (Simnon, Simca).
- Versiert In Standard-office- Und Dokumentationssoftware (Excel, Word, Powerpoint).
Zwischenmenschliche Und Professionelle Fähigkeiten
- Ausgezeichnete Schriftliche Und Mündliche Kommunikationsfähigkeiten.
- Starke Organisationsfähigkeit, Anpassungsfähigkeit Und Problemlösungskompetenz.
- Effektives Zeitmanagement Und Zielorientierte Arbeitsweise.
- Erfahrung In Der Lehre Und Betreuung Von Studierenden In Bioinformatik.
- Führerschein: B1, B.
Sprachen
Ausbildung
Faculty of Sciences, University of Porto / i3S
PhD in Bioinformatik im Gesundheitsbereich (Doktorandenprogramm Informatik) · Bioinformatik im Gesundheitsbereich (Doktorandenprogramm Informatik) · Porto, Portugal
Faculty of Pharmacy and Instituto Superior Técnico, University of Lisbon
Master in Pharmazeutischem Ingenieurwesen · Pharmazeutisches Ingenieurwesen · Lisbon, Portugal · 17/20
University of Trás-os-Montes and Alto Douro
Bachelor in Biomedizinischer Technik · Biomedizinische Technik · Vila Real, Portugal · 14/20
Zertifikate & Bescheinigungen
Führerschein: B1, B
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