Ege Okumuş
Gastwissenschaftler, Dunkelmann-Labor, Pflanzensynthetische Biologie
Erfahrungen
Gastwissenschaftler, Dunkelmann-Labor, Pflanzensynthetische Biologie
Max-Planck-Institut für Molekulare Pflanzenphysiologie
- Entwicklung und Wartung von Datenanalyse-Pipelines für pflanzensynthetische Genomik mit Schwerpunkt auf Chloroplasten-Engineering.
- Entwicklung einer Pipeline zur Detektion echter NUPTs (nukleare Plastiden-DNA-Einschübe) in Pflanzengenomen mit Lang-Read-Sequenzierungsdaten.
Forschungspraktikant, Molekularbiologie und Genetik
PreOmics GmbH
- Erfahrung in der Anwendung statistischer Analysen auf groß angelegte LC-MS/MS-Proteomik-Daten, einschließlich Biomarkerentdeckung für nicht-kleinzelligen Lungenkrebs (NSCLC).
- Spezialisierung auf die Anwendung der Empirical-Bayes-Methode in proteinweisen linearen Modellen.
- Entwicklung einer R-Shiny-App für Datenvisualisierung und interaktive Analyse.
M. Sc. Pflanzenwissenschaften
Ludwig-Maximilians-Universität München
Erasmus+-Austauschsemester
Freie Universität Berlin
- Abschluss von Masterkursen in Bioinformatik
B. Sc. Molekularbiologie und Genetik
Izmir Institut für Technologie
Schüler
Kabatas Lisesi
Zusammenfassung
Erfahren in der Anwendung statistischer Analysen auf groß angelegte LC-MS/MS-Proteomik-Daten, einschließlich Biomarkerentdeckung für nicht-kleinzelligen Lungenkrebs (NSCLC). Spezialisiert auf die Anwendung der Empirical-Bayes-Methode in proteinweisen linearen Modellen. Weitere Expertise umfasst die Entwicklung von R-Shiny-Apps für Datenvisualisierung und interaktive Analyse.
Fähigkeiten
- R Studio: Shiny-app, R Markdown
- Hpc & Linux/unix: Ssh-client, Bash-scripting
- Webdesign: Html, Javascript
- Sequenzierungs-workflows: Dorado, Deepmod2
- Embedded-systeme: Arduino (C++)
- Python: Numpy, Scipy, Pandas
- Github
Sprachen
Ausbildung
Ludwig-Maximilians-Universität München
M. Sc. Pflanzenwissenschaften · Pflanzenwissenschaften · München, Deutschland
Freie Universität Berlin
Bioinformatik · Berlin, Deutschland
Izmir Institut für Technologie
B. Sc. Molekularbiologie und Genetik · Molekularbiologie und Genetik · İzmir, Türkei
Profil
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