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Muhammad Usman

Wissenschaftliche Hilfskraft

Muhammad Usman
Saarbrücken, Deutschland

Erfahrungen

Okt. 2024 - Juli 2025
10 Monate

Wissenschaftliche Hilfskraft

Universität des Saarlandes

  • Einsatz KI-getriebener CADD-Methoden zur Optimierung biosynthetischer Wege und Molekülscreenings.
  • Integration synthetischer Biologie und rechnergestützter Chemie-Workflows für schnelle In-silico-Experimente.
  • Automatisierte ML-Pipelines mit Python, PyTorch und Scikit-learn unter Linux, was zu verbesserten Modelltests und höherer Reproduzierbarkeit führte.
Juni 2024 - Bis heute
1 Jahr 9 Monate

Machine-Learning- und Bioinformatik-Ingenieur

Myria Biosciences

  • Verarbeitung und Analyse von über 1.000 genomischen und proteomischen Proben, wodurch die Laufzeit der Pipeline mithilfe von Workflow-Managern und HPC-Clustern um 35 % reduziert wurde.
  • Benchmarking von Variant-Calling-Pipelines, was die Empfindlichkeit der SNP-Erkennung im Vergleich zu Referenzdatensätzen um 8 % erhöhte.
  • Aufbau von ETL-Workflows (Python, Pandas, SQL) zur Verwaltung von 50 GB Multi-Omics-Daten pro Woche mit einer Fehlerquote von < 2 %, was eine effiziente Datenintegration ermöglichte.
  • Aufbau eines Neo4j-Wissensgraphen mit über 10.000 biologischen Entitäten, was die Abfragegeschwindigkeit in F&E um 50 % steigerte.
  • Bereitstellung von über 30 interaktiven Dashboards und reproduzierbaren Berichten, wodurch Forschungsentscheidungen in drei klinischen Programmen beschleunigt wurden.
  • Entwicklung und Containerisierung reproduzierbarer NGS- und ML-Pipelines mit Docker, Git und CI/CD zur Steigerung der Zuverlässigkeit und Automatisierung von Workflows.
Juni 2024 - Dez. 2024
7 Monate

Data Scientist in der Arzneimittel-Bioinformatik

Helmholtz-Institut (HIPS)

  • Analysierte und integrierte NGS- und LC-MS/MS-Proteomik-Datensätze und trug damit zur Entdeckung von 15 neuen biosynthetischen Genclustern bei.
  • Entwickelte ML-Modelle, die die Genauigkeit der Vorhersage der Expressions-Effizienz um 22 % steigerten.
  • Einsatz graphbasierter Data Science zur Entdeckung von Stoffwechselwegen; drei rechnerische Vorhersagen experimentell validiert.
  • Aufbau von Snakemake-Pipelines mit Versionskontrolle, wodurch monatlich über 40 Stunden manuelle Bearbeitungszeit eingespart wurden.
  • Bereitstellung reproduzierbarer Bioinformatik-Pipelines, die nun von mehreren Forschungsgruppen für genomische und biochemische Analysen genutzt werden.
Dez. 2022 - Sept. 2024
1 Jahr 10 Monate

Wissenschaftliche Hilfskraft

KIST Europe

  • Unterstützung sequenzierungsgetriebener synthetischer Biologieprojekte durch Validierung von über 100 Klonierungs-Experimenten.
  • Leitete die Schulung von Studierenden und die Standardisierung von Workflows, wodurch die Einarbeitungszeit um 30 % verkürzt wurde.
  • Durchführung und Analyse von ELISA-, Klonierungs-Workflows und Phagen-Wirt-Interaktionsstudien zur Unterstützung der Bakteriophagen-Entwicklung.
  • Durchführung sequenzierungsbasierter Validierungen zur Sicherstellung der Integrität von Konstrukten und der Zuverlässigkeit experimenteller Daten.

Industrie Erfahrung

Sehen Sie, wo dieser Freiberufler den Großteil seiner beruflichen Laufbahn verbracht hat. Längere Linien stehen für umfangreichere praktische Erfahrung, während kürzere Linien auf gezielte oder projektbezogene Arbeit hindeuten.

Erfahren in Biotechnologie (3 Jahre) und Pharmazeutika (0.5 Jahre).

Biotechnologie
Pharmazeutika

Geschäftsbereich Erfahrung

Die folgende Grafik bietet einen Überblick über die Erfahrungen des Freiberuflers in verschiedenen Geschäftsbereichen, berechnet anhand abgeschlossener und aktiver Aufträge. Sie zeigt die Bereiche, in denen der Freiberufler am häufigsten zur Planung, Umsetzung und Erzielung von Geschäftsergebnissen beigetragen hat.

Erfahren in Forschung und Entwicklung (3 Jahre), Qualitätssicherung (2 Jahre), Business Intelligence (1.5 Jahre) und Informationstechnologie (1.5 Jahre).

Forschung und Entwicklung
Qualitätssicherung
Business Intelligence
Informationstechnologie

Zusammenfassung

Bioinformatiker und DevOps-orientierter Machine-Learning-Ingenieur mit Erfahrung in der Bereitstellung skalierbarer Lösungen in den Bereichen Genomik, Transkriptomik und Proteomik.

Erfahren in der Entwicklung reproduzierbarer NGS-/ML-Pipelines, Workflow-Automatisierung und CI/CD-gestützter Bereitstellung in Linux- und HPC-Umgebungen.

Fundierter Hintergrund in Python, R und C++, mit Expertise in Multi-Omics-Datenintegration, ETL-Workflows, Wissensgraphen (Neo4j) und der Entwicklung von Dashboards und Datenprodukten für Forschungs- und klinische Entscheidungsunterstützung.

Fähigkeiten

  • Ngs & Bioinformatik: Wgs, Wes, Rna-seq (Bulk & Einzelzell), Methylom, Variant Calling, Annotation, Bioconductor
  • Ml & Data Science: Scikit-learn, Pytorch, Pca/umap/t-sne, Clustering, Random Forest, Svm, Xgboost, Shap, Gnnexplainer, Graph Ml
  • Devops & Infrastruktur: Docker, Git, Bash, Linux-server-management, Ci/cd, Workflow-automatisierung, Cloud-deployment
  • Pipelines & Tools: Snakemake, Nextflow (Grundlagen), Biopython, Pandas, Numpy, Jupyter, Flask
  • Datenengineering & Datenbanken: Sql, Etl/elt, Api-pipelines, Neo4j-wissensgraphen, Datenmodellierung
  • Visualisierung: Plotly, R Shiny, Jupyter-dashboards, Rmarkdown, Interaktive Berichte

Sprachen

Englisch
Verhandlungssicher
Deutsch
Fortgeschritten

Ausbildung

Okt. 2022 - Bis heute

Universität des Saarlandes

M.Sc. Bioinformatik · Bioinformatik · Saarbrücken, Deutschland

Okt. 2018 - Aug. 2022

UET Lahore

B.Sc. Biomedizinische Technik · Biomedizinische Technik · Lahore, Pakistan · Notendurchschnitt: 3,721/4,0

Zertifikate & Bescheinigungen

ETL und ELT in Python

(Kurzkurs)

Neo4j Certified Professional

GraphAcademy

Neo4j Graph Data Science Certification

GraphAcademy

Profil

Erstellt
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Frequently asked questions

Sie haben Fragen? Hier finden Sie weitere Informationen.

Wo ist Muhammad ansässig?

Muhammad ist in Saarbrücken, Deutschland ansässig.

Welche Sprachen spricht Muhammad?

Muhammad spricht folgende Sprachen: Englisch (Verhandlungssicher), Deutsch (Fortgeschritten).

Wie viele Jahre Erfahrung hat Muhammad?

Muhammad hat mindestens 3 Jahre Erfahrung. In dieser Zeit hat Muhammad in mindestens 3 verschiedenen Rollen und für 4 verschiedene Firmen gearbeitet. Die durchschnittliche Dauer der einzelnen Projekte beträgt 1 Jahr und 10 Monate. Beachten Sie, dass Muhammad möglicherweise nicht alle Erfahrungen geteilt hat und tatsächlich mehr Erfahrung hat.

Für welche Rollen wäre Muhammad am besten geeignet?

Basierend auf der jüngsten Erfahrung wäre Muhammad gut geeignet für Rollen wie: Wissenschaftliche Hilfskraft, Machine-Learning- und Bioinformatik-Ingenieur, Data Scientist in der Arzneimittel-Bioinformatik.

Was ist das neueste Projekt von Muhammad?

Die neueste Position von Muhammad ist Wissenschaftliche Hilfskraft bei Universität des Saarlandes.

Für welche Unternehmen hat Muhammad in den letzten Jahren gearbeitet?

In den letzten Jahren hat Muhammad für Universität des Saarlandes, Myria Biosciences, Helmholtz-Institut (HIPS) und KIST Europe gearbeitet.

In welchen Industrien hat Muhammad die meiste Erfahrung?

Muhammad hat die meiste Erfahrung in Industrien wie Biotechnologie und Pharmazeutika.

In welchen Bereichen hat Muhammad die meiste Erfahrung?

Muhammad hat die meiste Erfahrung in Bereichen wie Forschung und Entwicklung, Qualitätssicherung und Business Intelligence. Muhammad hat auch etwas Erfahrung in Informationstechnologie.

Was ist die Ausbildung von Muhammad?

Muhammad hat einen Master in Bioinformatik from Universität des Saarlandes und einen Bachelor in Biomedizinische Technik from UET Lahore.

Ist Muhammad zertifiziert?

Muhammad hat 3 Zertifikate. U.a: ETL und ELT in Python, Neo4j Certified Professional und Neo4j Graph Data Science Certification.

Wie ist die Verfügbarkeit von Muhammad?

Muhammad ist sofort verfügbar für passende Projekte.

Wie hoch ist der Stundensatz von Muhammad?

Der Stundensatz von Muhammad hängt von den spezifischen Projektanforderungen ab. Bitte verwenden Sie die Meet-Schaltfläche im Profil, um ein Meeting zu planen und die Details zu besprechen.

Wie kann man Muhammad beauftragen?

Um Muhammad zu beauftragen, klicken Sie auf die Meet-Schaltfläche im Profil, um ein Meeting anzufragen und Ihre Projektanforderungen zu besprechen.

Durchschnittlicher Tagessatz für ähnliche Positionen

Die Tagessätze basieren auf aktuellen Projekten und enthalten keine FRATCH-Marge.

800
600
400
200
⌀ Markt: 580-740 €
Die angegebenen Tagessätze entsprechen der typischen Marktspanne für Freiberufler in dieser Position, basierend auf aktuellen Projekten auf unserer Plattform.
Die tatsächlichen Tagessätze können je nach Dienstalter, Erfahrung, Fachkenntnissen, Projektkomplexität und Auftragsdauer variieren.