Mustafa (Safa) K.
Postdoktorand
Erfahrungen
Juli 2023 - Juli 2025
2 Jahren 1 MonateBethesda, Vereinigte Staaten
Postdoktorand
National Institutes of Health (NIH), NHLBI
- Entwurf von Peptidinhibitoren gegen UPF1 mit RFdiffusion, ProteinMPNN und AlphaFold2/3; Validierung der Kandidaten durch Molekulardynamik-Simulationen
- Screening von über 1 Million Verbindungen für Ataxie-Fusionsproteine mit AutoDock Vina; Bestätigung der besten Hits durch GROMACS MD-Simulationen
- Entwicklung von RNA-Seq-Analyse-Pipelines für den Nonsense-vermittelten Abbau (NMD), inklusive Isoform-Quantifizierung und Motivsuche
- Modellierung von Protein-RNA-Interaktionen mit AlphaFold3-Multimeren in Verbindung mit BioGRID-/STRING-Datenbanken
- Aufbau rechnergestützter Workflows für Transkriptomik und RNA-Regulation in humanen, aus iPSC abgeleiteten Modellen
Aug. 2019 - Mai 2023
3 Jahren 10 MonatenBraunschweig, Deutschland
Doktorand
Technische Universität Braunschweig
- Untersuchung von Virulenzfaktoren von Legionella pneumophila unter Einbeziehung struktureller Biologie und Interaktomik-Ansätzen
- Einsatz von AlphaFold und Rosetta zur Modellierung von Erreger-Wirt-Interaktionen; Identifikation von angreifbaren Zielen für therapeutische Interventionen
- Aufreinigung von Effektorproteinen und Validierung der Ligandenbindung mittels nanoDSF und Oberflächenplasmonenresonanz (SPR)
- Einsatz menschlicher Lungenexplantate zur Verknüpfung molekularer Mechanismen mit Gewebeantworten auf Infektionen
- Integration von AP-MS-Proteomikdaten mit rechnergestützter Modellierung zur Kartierung von Wirt-Erreger-Interaktionsnetzwerken
Apr. 2017 - Juli 2019
2 Jahren 4 Monatenİstanbul, Türkei
Wissenschaftlicher Assistent
Türkisch-Deutsche Universität
- Entwicklung rechnergestützter Modelle für Amyloidbildung und das Verhalten ungeordneter Proteine
- Entwurf von Peptid- und Proteinvarianten mittels Homologiemodellierung, molekularem Docking und Hochleistungsrechnen
- Aufbau von molekularen Modellierungsworkflows zur Analyse von Proteinstruktur-Funktions-Beziehungen
Feb. 2016 - Mai 2016
4 MonatenTürkei
Projektassistent
TÜBİTAK Marmara Technopark (MARTEK)
- Durchführung pharmakologischer Assays und Biosensor-Studien für präklinische Wirkstofftests
- Unterstützung automatisierter in vivo- und ex vivo-Wirkstoffvalidierungsprotokolle
Juni 2014 - Sept. 2014
4 MonatenPortugal
Forschungspraktikant
Instituto Gulbenkian de Ciência (IGC)
- Durchführung pharmakologischer Tests und in vivo-Studien zu Wirkstoffkandidaten
- Mitarbeit an synthetischen Biologie- und Hochdurchsatz-Screening-Pipelines
Juni 2013 - Sept. 2013
4 Monatenİstanbul, Türkei
Forschungspraktikant
Bogazici University
- Durchführung molekularbiologischer Tests zur Prüfung und Validierung von Arzneimitteln
Zusammenfassung
Computational-Biologe mit über 8 Jahren Erfahrung, der experimentelle Biologie und computergestützte Innovation verbindet.
Experte für Protein-Design, strukturelle Bioinformatik und Transkriptom-Analyse mit Fokus auf Wirkstoffentdeckung.
Erfolgreiche Leitung von Projekten vom molekularen Modell zur Validierung in humanen Modellsystemen.
Erwiesene Fähigkeit, Multi-Omics-Daten zu integrieren, rechnergestützte Pipelines zu entwickeln und Erkenntnisse in biologische Einsichten für schwer angreifbare Ziele umzusetzen.
Sprachen
Deutsch
MutterspracheTürkisch
MutterspracheEnglisch
VerhandlungssicherAusbildung
Aug. 2019 - Mai 2023
Technische Universität Braunschweig
Promotion in Biologie · Biologie · Deutschland
Okt. 2018 - Juni 2018
Gebze Technical University
Molekulare Biologie & Genetik · Türkei
Okt. 2015 - Juni 2015
Gebze Technical University
Molekulare Biologie & Genetik · Türkei
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