Mustafa (Safa) K.
Postdoktorand
Erfahrungen
Juli 2023 - Juli 2025
2 Jahren 1 MonateBethesda, Vereinigte Staaten
Postdoktorand
National Institutes of Health (NIH), NHLBI
- Entwickelte Peptidinhibitoren gegen UPF1 mit RFdiffusion, ProteinMPNN und AlphaFold2/3; validierte Kandidaten mittels Molekulardynamik-Simulationen
- Durchsuchte über eine Million Verbindungen für Ataxie-Fusionsproteine mit AutoDock Vina; bestätigte die besten Treffer mittels GROMACS-MD-Simulationen
- Entwickelte RNA-Seq-Analyse-Pipelines für Studien zum nonsense-vermittelten Abbau (NMD), einschließlich Isoform-Quantifizierung und Motifsuche
- Modellierte Protein-RNA-Interaktionen mit AlphaFold3-Multimeren, integriert mit BioGRID/STRING-Datenbanken
- Etablierte computergestützte Workflows für Transkriptomik und RNA-Regulation in iPSC-abgeleiteten humanen Modellen
Aug. 2019 - Mai 2023
3 Jahren 10 MonatenBraunschweig, Deutschland
Doktorand
Technische Universität Braunschweig
- Untersuchte Virulenzfaktoren von Legionella pneumophila durch Kombination aus struktureller Biologie und Interaktomik
- Setzte AlphaFold und Rosetta zur Modellierung von Pathogen-Wirt-Interaktionen ein; identifizierte therapeutisch angreifbare Zielstrukturen
- Reinigte Effektorproteine und validierte Ligandenbindung mit nanoDSF und Oberflächenplasmonresonanz (SPR)
- Wandte menschliche Lungenexplantate an, um molekulare Mechanismen mit Gewebeantworten auf Infektionen zu verknüpfen
- Integrierte AP-MS-Proteomikdaten mit computergestützter Modellierung zur Abbildung von Wirt-Pathogen-Interaktionsnetzwerken
Apr. 2017 - Juli 2019
2 Jahren 4 Monatenİstanbul, Türkei
Wissenschaftlicher Assistent
Türkisch-Deutsche Universität
- Entwickelte Rechenmodelle für Amyloidbildung und das Verhalten ungeordneter Proteine
- Entwarf Peptid- und Proteinvarianten mittels Homologiemodellierung, Molekulardocking und Hochleistungsrechnen
- Etablierte molekulare Modellierungs-Workflows zur Analyse von Proteinstruktur und -funktion
Feb. 2016 - Mai 2016
4 MonatenTürkei
Projektassistent
TÜBİTAK Marmara Technopark (MARTEK)
- Führte pharmakologische Assays und Biosensoruntersuchungen für präklinische Wirkstofftests durch
- Unterstützte automatisierte in-vivo- und ex-vivo-Protokolle zur Wirkstoffvalidierung
Juni 2014 - Sept. 2014
4 MonatenPortugal
Forschungspraktikant
Instituto Gulbenkian de Ciência (IGC)
- Führte pharmakologische Assays und In-vivo-Studien an therapeutischen Kandidaten durch
- Trug zu Pipelines in synthetischer Biologie und High-Throughput-Screening bei
Juni 2013 - Sept. 2013
4 Monatenİstanbul, Türkei
Forschungspraktikant
Bogazici University
- Führte molekularbiologische Assays für Wirkstofftests und Validierung durch
Zusammenfassung
Computational-Biologe mit über 8 Jahren Erfahrung an der Schnittstelle von experimenteller Biologie und rechnergestützter Innovation. Expertise in Proteindesign, struktureller Bioinformatik und Transkriptomik, angewandt auf die Wirkstoffforschung. Erfolgreiche Projektleitung von molekularem Modellbau bis zur Validierung in humanen Modellsystemen. Nachgewiesene Fähigkeit, Multi-Omics-Daten zu integrieren, Rechen-Pipelines zu entwickeln und Ergebnisse in biologische Erkenntnisse für schwer angreifbare Zielstrukturen umzusetzen.
Fähigkeiten
Proteindesign
- Alphafold2/3
- Rfdiffusion
- Proteinmpnn
- Rosetta-suite
Strukturelle Biologie
- Molekulardynamik
- Pymol/chimerax
- Gromacs
Computational-methoden
- Python-/r-programmierung
- Hpc-/cloud-computing
- Bioinformatik-pipelines
- Bash-skripting
Transkriptomik
- Rna-seq-analyse
- Isoform-quantifizierung
- Motifsuche
- Nmd-studien
Experimentelle Techniken
- Proteinreinigung
- Nanodsf/spr
- Massenspektrometrie
- Kultur Von Säugerzellen/ipscs
Spezialkenntnisse
- Wirts-pathogen-interaktionen
- Wirkstoffforschungs-pipelines
- Multi-omics-integration
- Schwer Angreifbare Zielstrukturen
Technische Fähigkeiten
- Proteindesign: Alphafold2/3, Rfdiffusion, Proteinmpnn, Rosetta
- Strukturanalyse: Pymol, Chimerax, Gromacs, Autodock Vina
- Transkriptomik: Rna-seq, Isoform-quantifizierung, Motifsuche
- Programmierung: Python, R, Bash-skripting
- Computing: Hpc, Cloud-computing, Bioinformatik-pipelines
Sprachen
Deutsch
MutterspracheTürkisch
MutterspracheEnglisch
VerhandlungssicherAusbildung
Aug. 2019 - Mai 2023
Technische Universität Braunschweig
Promotion in Biologie, Protein-Interaktion und Inhibition des L. pneumophila Mip und Immunmetabolismus · Biologie · Braunschweig, Deutschland
Okt. 2015 - Juni 2018
Gebze Technical University
M.Sc. Molekularbiologie & Genetik, Molekulare Charakterisierung und Identifizierung des Interaktionspartners des Peptidyl · Molekularbiologie & Genetik · Türkei
Okt. 2011 - Juni 2015
Gebze Technical University
B.Sc. Molekularbiologie & Genetik · Molekularbiologie & Genetik · Türkei
Sie suchen Freelancer?Passende Kandidaten in Sekunden!
FRATCH GPT testenWeitere Aktionen
Ähnliche Freelancer
Entdecken Sie andere Experten mit ähnlichen Qualifikationen und Erfahrungen.
Ebenezer N.
Wissenschaftliche*r Forscher*in
Profil ansehen
Ravindra G.
Postdoktorand
Profil ansehen
Ehsan A.
Data Scientist für klinische Daten
Profil ansehen
Dmitriy D.
Freiberuflicher Senior Data Scientist
Profil ansehen
Nhu loc thuy T.
Doktorand in quantitativer Genetik und computergestützter Biologie
Profil ansehen
Ege O.
Gastwissenschaftler, Dunkelmann-Labor, Pflanzensynthetische Biologie
Profil ansehen
Felix K.
Direktor
Profil ansehen
Pawandeep S.
Forschungstechniker
Profil ansehen
José maría P.
DNA- und Datenanalyst
Profil ansehen
Mathew D.
Data-Science-Experte und KI-Stratege
Profil ansehen
Pawel T.
Gründer & Life-Science-Berater
Profil ansehen
Joana M.
Mitarbeiter | Bioinformatik
Profil ansehen
Krishnanjan P.
Postdoktorand
Profil ansehen
Athul S.
Datenwissenschaftler
Profil ansehen
Marta F.
Doktorandin
Profil ansehen
Fereydoon T.
Postdoktorand & Wissenschaftlicher Projektkoordinator
Profil ansehen
Martha L.
Trainer für große Sprachmodelle
Profil ansehen
Ram K.
Wissenschaftler für Pflanzenpathologie
Profil ansehen
Arne H.
Embedded Fullstack-Entwickler
Profil ansehen
Jean M.
Autor/Designer
Profil ansehen
Ezgi A.
Bioinformatik-Praktikant
Profil ansehen
Rodrigo H.
Data Engineer und Gründer
Profil ansehen
Cristiano B.
Technologie-Vision-Stratege
Profil ansehen
Harsh vardhan A.
System- und Prozessintegrator 2
Profil ansehen
Sophie B.
Freiberuflicher wissenschaftlicher Berater – Innovation, Projektmanagement, Fördermittelanträge
Profil ansehen
Andreas M.
Senior Softwareentwickler
Profil ansehen
Kiran kumar K.
Angewandtes NLP: Wortbasierte Kodierung für intelligentere Ereignisvorhersagen
Profil ansehen
Kevin M.
Freiberuflicher Dozent im Coaching-Bereich
Profil ansehen
Hosna M.
Datenwissenschaftler
Profil ansehen
Niels A.
Berater: Translationale Wissenschaften
Profil ansehen
