Mustafa (Safa) Karagöz
Postdoktorand
Erfahrungen
Postdoktorand
National Institutes of Health (NIH), NHLBI
- Entwickelte Peptidinhibitoren gegen UPF1 mit RFdiffusion, ProteinMPNN und AlphaFold2/3; validierte Kandidaten mittels Molekulardynamik-Simulationen
- Durchsuchte über eine Million Verbindungen für Ataxie-Fusionsproteine mit AutoDock Vina; bestätigte die besten Treffer mittels GROMACS-MD-Simulationen
- Entwickelte RNA-Seq-Analyse-Pipelines für Studien zum nonsense-vermittelten Abbau (NMD), einschließlich Isoform-Quantifizierung und Motifsuche
- Modellierte Protein-RNA-Interaktionen mit AlphaFold3-Multimeren, integriert mit BioGRID/STRING-Datenbanken
- Etablierte computergestützte Workflows für Transkriptomik und RNA-Regulation in iPSC-abgeleiteten humanen Modellen
Doktorand
Technische Universität Braunschweig
- Untersuchte Virulenzfaktoren von Legionella pneumophila durch Kombination aus struktureller Biologie und Interaktomik
- Setzte AlphaFold und Rosetta zur Modellierung von Pathogen-Wirt-Interaktionen ein; identifizierte therapeutisch angreifbare Zielstrukturen
- Reinigte Effektorproteine und validierte Ligandenbindung mit nanoDSF und Oberflächenplasmonresonanz (SPR)
- Wandte menschliche Lungenexplantate an, um molekulare Mechanismen mit Gewebeantworten auf Infektionen zu verknüpfen
- Integrierte AP-MS-Proteomikdaten mit computergestützter Modellierung zur Abbildung von Wirt-Pathogen-Interaktionsnetzwerken
Wissenschaftlicher Assistent
Türkisch-Deutsche Universität
- Entwickelte Rechenmodelle für Amyloidbildung und das Verhalten ungeordneter Proteine
- Entwarf Peptid- und Proteinvarianten mittels Homologiemodellierung, Molekulardocking und Hochleistungsrechnen
- Etablierte molekulare Modellierungs-Workflows zur Analyse von Proteinstruktur und -funktion
Projektassistent
TÜBİTAK Marmara Technopark (MARTEK)
- Führte pharmakologische Assays und Biosensoruntersuchungen für präklinische Wirkstofftests durch
- Unterstützte automatisierte in-vivo- und ex-vivo-Protokolle zur Wirkstoffvalidierung
Forschungspraktikant
Instituto Gulbenkian de Ciência (IGC)
- Führte pharmakologische Assays und In-vivo-Studien an therapeutischen Kandidaten durch
- Trug zu Pipelines in synthetischer Biologie und High-Throughput-Screening bei
Forschungspraktikant
Bogazici University
- Führte molekularbiologische Assays für Wirkstofftests und Validierung durch
Industrie Erfahrung
Sehen Sie, wo dieser Freiberufler den Großteil seiner beruflichen Laufbahn verbracht hat. Längere Linien stehen für umfangreichere praktische Erfahrung, während kürzere Linien auf gezielte oder projektbezogene Arbeit hindeuten.
Erfahren in Biotechnologie (9 Jahre), Pharmazeutika (4.5 Jahre) und Bildung (2.5 Jahre).
Geschäftsbereich Erfahrung
Die folgende Grafik bietet einen Überblick über die Erfahrungen des Freiberuflers in verschiedenen Geschäftsbereichen, berechnet anhand abgeschlossener und aktiver Aufträge. Sie zeigt die Bereiche, in denen der Freiberufler am häufigsten zur Planung, Umsetzung und Erzielung von Geschäftsergebnissen beigetragen hat.
Erfahren in Forschung und Entwicklung (9 Jahre).
Zusammenfassung
Computational-Biologe mit über 8 Jahren Erfahrung an der Schnittstelle von experimenteller Biologie und rechnergestützter Innovation. Expertise in Proteindesign, struktureller Bioinformatik und Transkriptomik, angewandt auf die Wirkstoffforschung. Erfolgreiche Projektleitung von molekularem Modellbau bis zur Validierung in humanen Modellsystemen. Nachgewiesene Fähigkeit, Multi-Omics-Daten zu integrieren, Rechen-Pipelines zu entwickeln und Ergebnisse in biologische Erkenntnisse für schwer angreifbare Zielstrukturen umzusetzen.
Fähigkeiten
Proteindesign
- Alphafold2/3
- Rfdiffusion
- Proteinmpnn
- Rosetta-suite
Strukturelle Biologie
- Molekulardynamik
- Pymol/chimerax
- Gromacs
Computational-methoden
- Python-/r-programmierung
- Hpc-/cloud-computing
- Bioinformatik-pipelines
- Bash-skripting
Transkriptomik
- Rna-seq-analyse
- Isoform-quantifizierung
- Motifsuche
- Nmd-studien
Experimentelle Techniken
- Proteinreinigung
- Nanodsf/spr
- Massenspektrometrie
- Kultur Von Säugerzellen/ipscs
Spezialkenntnisse
- Wirts-pathogen-interaktionen
- Wirkstoffforschungs-pipelines
- Multi-omics-integration
- Schwer Angreifbare Zielstrukturen
Technische Fähigkeiten
- Proteindesign: Alphafold2/3, Rfdiffusion, Proteinmpnn, Rosetta
- Strukturanalyse: Pymol, Chimerax, Gromacs, Autodock Vina
- Transkriptomik: Rna-seq, Isoform-quantifizierung, Motifsuche
- Programmierung: Python, R, Bash-skripting
- Computing: Hpc, Cloud-computing, Bioinformatik-pipelines
Sprachen
Ausbildung
Technische Universität Braunschweig
Promotion in Biologie, Protein-Interaktion und Inhibition des L. pneumophila Mip und Immunmetabolismus · Biologie · Braunschweig, Deutschland
Gebze Technical University
M.Sc. Molekularbiologie & Genetik, Molekulare Charakterisierung und Identifizierung des Interaktionspartners des Peptidyl · Molekularbiologie & Genetik · Türkei
Gebze Technical University
B.Sc. Molekularbiologie & Genetik · Molekularbiologie & Genetik · Türkei
Profil
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