Ziming H.
Forschungswissenschaftler
Erfahrungen
Sept. 2022 - Bis heute
3 Jahren 3 MonatenMünchen, Deutschland
Forschungswissenschaftler
LMU Klinikum und Helmholtz München
- Leitete kollaborative Forschungsprojekte in der kardiovaskulären Immunologie und nutzte scRNA-seq-Analysen, um die molekularen Mechanismen der Komplementkomponente 5a-Signalisierung in angeborenen Immunmakrophagen aufzudecken
- Vorantrieb die Entdeckung und Validierung neuartiger Gene und Signalwege bei Kardiomyopathien durch Integration komplexer klinischer und realer Datensätze (z. B. SNP-Genotypisierung, elektronische Patientenakten)
- Entwickelte eine neuartige 1D-CNN-Transformer-Hybridarchitektur zur Vorhersage von miRNA-mRNA-Bindungen direkt aus DNA-Sequenzen und erzielte eine führende Leistung mit einem AUC von 0,903, wodurch die Falsch-Positiv-Rate im Vergleich zu Benchmark-Modellen deutlich gesenkt wurde; veröffentlicht unter [link]
März 2021 - Juni 2021
4 MonatenKI-Wissenschaftler
Kaggle-Wettbewerb – Molekulare Übersetzung
- Führte ein vierköpfiges Team zum 2. Platz unter 874 Teilnehmern (Kaggle Grandmaster Top 0,1 %) in der Molecular Translation Challenge und löste dabei erfolgreich die entscheidende Datenumwandlungsaufgabe mit niedriger OCR-Genauigkeit in einem großen, beschädigten, von der FDA stammenden gescannten Datensatz chemischer Molekülbilder
- Entwickelte ein Modell in drei Phasen mit ResNet-Transformer-Bildbeschriftung, Kandidatengenerierung und Multi-Modell-Neubewertung
- Steigerte die Modellrobustheit um 40 % durch molekülspezifische Datenaugmentierung, erreichte eine Editierdistanz von 0,54 (vs. Ausgangswert > 0,9) und ermöglichte die präzise Umwandlung von 1,6 Millionen alter gescannter chemischer Bilder in maschinenlesbares InChI-Format
März 2019 - Juni 2022
3 Jahren 4 MonatenShanghai, China
Forschungswissenschaftler
Shanghai Institut für Materia Medica
- Implementierte API-Integrationen für Modelle wie GPT-3.5-Turbo in chemischen Text-Mining-Aufgaben und entwarf Strategien für die Batch-Datenübertragung zur Unterstützung der großskaligen Verarbeitung chemischer Fachliteratur
- Führte struktur-basiertes virtuelles Screening durch, um potenzielle Inhibitoren zu identifizieren, die die Interaktion zwischen der Rezeptorbindungsdomäne des SARS-CoV-2-Spike-Proteins und dem Angiotensin-Converting-Enzym 2 der Wirtszelle blockieren, ein entscheidender Schritt für das Eindringen des Virus in Wirtszellen
- Entwickelte und validierte ein Random-Forest-Modell zur Vorhersage der Reaktion auf Immun-Checkpoint-Inhibitoren (ICI) anhand von Multi-Omics-Daten von 281 Krebspatienten und erreichte eine Spitzen-AUC von 0,85 in externer Validierung, übertraf damit deutlich das Basismodell (AUC 0,763) und identifizierte neuartige Biomarker, die in wichtigen Immunwegen angereichert sind
Nov. 2017 - Juni 2018
8 MonatenQingdao, China
Praktikant
BGI Genomics
- Entwickelte eine bit-parallele fuzzy-RegEx-Pipeline zur SNP-toleranten artsübergreifenden vergleichenden Genomik an fünf Takifugu-Arten, was die automatisierte Annotation konservierter Genomstellen ermöglichte
- Erzielte eine 10-fache Beschleunigung beim Abfragen und Zugriff auf 30 GB Genomannotationsdaten über eine MySQL-Datenbank (Python-Bibliothek) und verbesserte damit die Effizienz der vergleichenden Analyse erheblich
- Automatisierte basierend auf den obigen Ergebnissen die gesamte RNA-Seq-Analyse-Pipeline unter Linux, von der Read-Mapping- und Datenbereinigung bis hin zur Genannotation, und standardisierte den Workflow für die Hochdurchsatz-Datenverarbeitung
Juni 2016 - Sept. 2016
4 MonatenWuhan, China
Datenwissenschaftler
Nationaler Mathematischer Modellierungswettbewerb
- Errang den nationalen zweiten Preis (unter den Absolventen) im Wettbewerb und fungierte als leitender Modellentwickler und wissenschaftlicher Autor
- Entwickelte und setzte ein logistisches Regressionsmodell in Kombination mit GWAS-Statistiktests auf 9445 SNPs ein, um die drei wahrscheinlichsten krankheitsassoziierten Loci für die vererbte Zielkrankheit unter 300 vorgegebenen Genen genau zu identifizieren
Sprachen
Chinesisch
MutterspracheEnglisch
VerhandlungssicherDeutsch
GrundkenntnisseAusbildung
Sept. 2022 - Bis heute
Ludwig-Maximilians-Universität München
PhD in medizinischer Forschung · Medizinische Forschung · München, Deutschland
Sept. 2019 - Juni 2022
Universität der Chinesischen Akademie der Wissenschaften
Master of Science im KI-gestützten Wirkstoffdesign · KI-gestütztes Wirkstoffdesign · China
Sept. 2014 - Juni 2018
Huazhong Agricultural University
Bachelor of Science in Bioinformatik · Bioinformatik · China
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