Pierre J. - Postdoktorand

Leipzig, Deutschland

Erfahrungen

Sept. 2023 - Sept. 2025

2 Jahren 1 Monate

Dresden, Deutschland

Verschiedene LLMs für genomische Vorhersagen verglichen und dabei eine sorgfältige Evaluation über Architekturen und Datensätze sichergestellt.
Die hauseigene LLM-Architektur erweitert und optimiert, ihre Anwendbarkeit ausgeweitet und Werkzeuge zur Verbesserung der Interpretierbarkeit entwickelt.
Sequenz- und epigenetische Faktoren, die der Stabilität des menschlichen Genoms zugrunde liegen, identifiziert und so tiefere Einblicke in ihre jeweiligen Rollen in der Genombiologie ermöglicht.
Masterstudierende und Praktikanten betreut und Projekte gestaltet, was zu sehr guten Berichten und zur Entwicklung laborweit genutzter Pipelines führte.

Juni 2022 - Juli 2022

2 Monaten

South San Francisco, Vereinigte Staaten

Eine optimierte Datenanalyse-Pipeline aufgebaut, die die diagnostische Genauigkeit von fetalen Aneuploidien in der nicht-invasiven Pränataldiagnostik verbesserte.

Aug. 2018 - Mai 2023

4 Jahren 10 Monaten

Berkeley, Vereinigte Staaten

Projekte zur Evolution pilzlicher Pflanzenpathogene entwickelt und geleitet und so ein neues Forschungsfeld ins Labor gebracht.
Eine neuartige Sequenzierungs- und Analyse-Pipeline zur Detektion zirkulärer DNA entwickelt und damit einen bislang unbekannten Aspekt der Evolution pilzlicher Pflanzenpathogene entdeckt.
Eine internationale Zusammenarbeit geleitet und Sequenzen von 70 neuen Genomen pilzlicher Pflanzenpathogene erzeugt.
Skalierbare Pipelines für Genomassemblierung und Datenintegration, NGS-Analyse sowie skalierbare Workflow-Entwicklung aufgebaut. Versiert in Python, R, HPC und in der Kombination statistischer und maschineller Lernverfahren zur Gewinnung biologischer Erkenntnisse.
Epigenetische Marker, die mit der Genomentwicklung bei pilzlichen Pflanzenpathogenen verknüpft sind, identifiziert und so den Weg für eine verbesserte Auswahl krankheitsresistenter Kulturpflanzen geebnet.
Eine Bachelorstudierende betreut und ein Projekt konzipiert, das in einer Ko-Erstautor-Publikation resultierte.

Juni 2017 - Juni 2018

1 Jahr 1 Monate

Seattle, Vereinigte Staaten

Okt. 2015 - Juni 2017

1 Jahr 9 Monaten

Seattle, Vereinigte Staaten

Pflanzassoziierte Mikroben entdeckt und charakterisiert, die später für landwirtschaftliche Anwendungen lizenziert wurden.
Ausbildung und Betreuung von Undergraduate-Forschenden in Molekularbiologie, Versuchsdesign und wissenschaftlichem Schreiben geleitet, was zu höherer Produktivität im Labor und zu mehr Bewilligungen von Stipendien führte.
Materialverwaltung und Budgetplanung durchgeführt, wodurch Abfälle und Materialkosten reduziert wurden.