Pierre Joubert
Postdoktorand
Erfahrungen
Postdoktorand
Biomedizinisch-Genomik-Gruppe von Anna Poetsch, Dresden
- Bewertete mehrere LLMs für genomische Vorhersageaufgaben und stellte eine gründliche Evaluation über verschiedene Architekturen und Datensätze sicher.
- Erweiterte und optimierte die LLM-Architektur im Labor, verbesserte die Interpretierbarkeit und erweiterte ihre Einsatzmöglichkeiten.
- Identifizierte sequenzielle und epigenetische Faktoren, die der Stabilität des menschlichen Genoms zugrunde liegen, und ermöglichte so tiefere Einblicke in ihre jeweiligen Rollen in der Genomforschung.
- Betreute und konzipierte Projekte für mehrere Masterstudierende und Praktikanten, was zu sehr guten Bewertungen in den Abschlussberichten und zur Entwicklung laborweiter Pipelines führte.
Praktikant in computergestützter Biologie
Myriad Genetics
- Entwickelte eine optimierte Datenanalyse-Pipeline, die die diagnostische Genauigkeit bei nicht-invasiven pränatalen Tests auf fetale Aneuploidien verbesserte.
Doktorand
Labor von Ksenia Krasileva, University of California, Berkeley
- Entwickelte und leitete Projekte zur Evolution pilzlicher Pflanzenpathogene und brachte damit ein neues Forschungsfeld ins Labor.
- Entwickelte eine neue Sequenzierungs- und Analyse-Pipeline zur Detektion zirkulärer DNAs und entdeckte so einen zuvor unbekannten Aspekt der Evolution pilzlicher Pflanzenpathogene.
- Führte eine internationale Zusammenarbeit und generierte Sequenzen für 70 neue Genome pilzlicher Pflanzenpathogene.
- Erstellte skalierbare Pipelines für Genomassemblierung und Datenintegration, NGS-Analyse und die Entwicklung skalierbarer Workflows.
- Identifizierte epigenetische Marker im Zusammenhang mit der Genom-Evolution pilzlicher Pflanzenpathogene und ebnete so den Weg für eine verbesserte Auswahl krankheitsresistenter Nutzpflanzen.
- Betreute und konzipierte ein Projekt für einen studentischen Forschungsassistenten, das zu einer Co-Erstautor-Publikation führte.
Forschungswissenschaftler, Sharon Doty Lab, University of Washington
Studentischer Forschungsassistent, Sharon Doty Lab, University of Washington
- Entdeckte und charakterisierte pflanzenassoziierte Mikroben, die später für landwirtschaftliche Anwendungen lizenziert wurden.
- Führte Schulungen und Beaufsichtigung von studentischen Forschenden in Molekularbiologie, Versuchsplanung und wissenschaftlichem Schreiben durch, was zu höherer Laborproduktivität und besseren Erfolgsquoten bei Stipendien führte.
- Übernahm Materialverwaltung und Budgetplanung, wodurch Abfall und Materialkosten reduziert wurden.
Zusammenfassung
Computational Biologe mit Expertise in der Integration von Multi-Omics-Daten, NGS-Analysen und der Entwicklung skalierbarer Workflows. Versiert in Python, R, HPC und in der Kombination statistischer sowie maschineller Lernverfahren zur Gewinnung biologischer Erkenntnisse. Leidenschaftlich daran interessiert, datengetriebene Entdeckungen in Fortschritte in der Arzneimittelentwicklung und der menschlichen Gesundheit zu überführen.
Fähigkeiten
- Reproduzierbare Datenanalyse Mit Python, R, Bash Und Git.
- Expertenwissen In Ngs-datenanalyse Und Multi-omics.
- Erfahrung Mit Workflow-managern (Wdl, Snakemake), Hpc- Und Cloud-umgebungen.
Sprachen
Ausbildung
University of California, Berkeley
PhD in Mikrobiologie mit ausgewiesenem Schwerpunkt in Rechnergestützter und Genomischer Biologie · Mikrobiologie · Berkeley, Vereinigte Staaten
University of Washington
B.S. Biologie (Molekular-, Zell- und Entwicklungsbiologie) · Biologie (Molekular-, Zell- und Entwicklungsbiologie) · Seattle, Vereinigte Staaten
Profil
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