Shafna (V s) A.
LLM-Trainer/Evaluator
Erfahrungen
Juli 2025 - Nov. 2025
5 MonatenLLM-Trainer/Evaluator
Turing
- Entwicklung fortschrittlicher, mehrschichtiger Prompts, die speziell darauf ausgelegt sind, die Grenzen großer Sprachmodelle im Bereich Molekularbiologie und Genetik herauszufordern und zu testen.
- Durchführung rigoroser Bewertungen KI-erzeugter Antworten, um Genauigkeit, Tiefe und Zuverlässigkeit in biomedizinischen und wissenschaftlichen Kontexten sicherzustellen und Fehlerpunkte sowie Verbesserungsbereiche zu identifizieren.
- Zusammenarbeit bei der Verfeinerung von Trainingsdatensätzen für KI durch Kennzeichnung komplexer biomedizinischer Fragen und Antworten, um die Modellleistung in spezialisierten Fachgebieten zu verbessern.
- Bereitstellung fachkundiger biologischer Erkenntnisse zur Interpretation nuancierter, domänenspezifischer Ausgaben und zur Ausrichtung des Modellverhaltens an aktueller Forschung und wissenschaftlichen Standards.
Aug. 2024 - Bis heute
1 Jahr 5 MonatenAbu Dhabi, Vereinigte Arabische Emirate
Bioinformatiker
Prepaire Lab
- Entwurf und Implementierung fortschrittlicher Rechenpipelines für Multi-Omics-Datenanalysen, einschließlich RNA-Seq, DNA-Seq und Mikrobiom-Sequenzierung.
- Durchführung von Variantenentdeckung, Annotation und funktionaler Wirkungsauswertung mit modernen Tools wie GATK, DeepVariant, ANNOVAR und PolyPhen-2.
- Durchführung von transkriptomischen und differentiellen Expressionsanalysen mit DESeq2, edgeR und StringTie zur Aufklärung wesentlicher molekularer Veränderungen.
- Analyse von Mikrobiom-Datensätzen mit QIIME 2, DADA2 und HUMAnN zur Gewinnung taxonomischer und funktionaler Einblicke.
- Integration von Genom-, Transkriptom- und Mikrobiom-Daten zur Unterstützung der Präzisionsmedizin durch Biomarker-Identifikation und Entwicklung biomedizinischer Wissensgraphen in Neo4j.
Jan. 2013 - Dez. 2014
2 JahrenVereinigte Arabische Emirate
Forschungsassistent in der Bioinformatik
UAE University
- Erstellung eines therapeutischen Ansatzes für Typ-II-Diabetes unter Einsatz mehrerer natürlicher Wirkstoffe unter Leitung von Prof. Ranjith Vijayan.
- Identifizierung und Validierung mehrerer biologischer Zielstrukturen zur Verbesserung therapeutischer Strategien mit natürlichen Verbindungen.
Jan. 2009 - Dez. 2012
4 JahrenCoimbatore, Indien
Assistenzprofessor
Dr G R Damodaran College of Science
- Durchführung von Lehrveranstaltungen für Postgraduierte in Bioinformatik, Biochemie und Biotechnologie.
- Verwaltung von Prüfungen der Abteilung als Prüfungsbeauftragter.
- Beratung und Betreuung von Studierenden als Studienberater.
- Nachgewiesene starke organisatorische Fähigkeiten und Kommunikationskompetenz.
Zusammenfassung
Ein hoch motivierter Bioinformatiker mit einem Doktortitel und Spezialisierung auf computergestützte transkriptomische Analysen. Ich bin bestrebt, mein Fachwissen in der NGS-Datenanalyse, bei der Variantenbestimmung und in der Multi-Omics-Integration in die biomedizinische Spitzenforschung einzubringen.
Mit starkem Fokus auf die Aufklärung von Krankheitsmechanismen, insbesondere bei der diabetischen Retinopathie, bin ich Experte darin, computergestützte Pipelines mit Python und R zu erstellen und zu verfeinern. Ich verfüge über Erfahrung im Aufbau von Wissensgraphen für biologische Daten, in der funktionalen Annotation und in der Analyse differentieller Genexpression.
Durch kooperative Forschung, kreatives Problemlösen und ständige Weiterbildung engagiere ich mich für die Weiterentwicklung der Präzisionsmedizin. Ich setze mich für Mentoring und wissenschaftlichen Erfolg ein und möchte bedeutende Studien unterstützen, die die Patientenergebnisse verbessern.
Fähigkeiten
- Entwicklung und Optimierung von Bioinformatik-Pipelines für hochdurchsatzfähige Genomdaten
- Fundierte Kenntnisse in der NGS-Analyse (Next Generation Sequencing)
- Strukturbioinformatik
- Programmierung in Python und R
- Leidenschaft für Lehre und Forschung
- Durchführung von Variantenerkennungspipelines mit FastQC, TrimGalore, BWA-MEM, GATK HaplotypeCaller, DeepVariant, bcftools und SnpEff zur Variantenannotation
- Mikrobiomanalysen mit QIIME 2, DADA2, MetaPhlAn 3, Kraken 2 und HUMAnN 3 für taxonomische und funktionale Profilierung
- Einsatz von STAR und Salmon für RNA-Seq-Ausrichtung und Quantifizierung; Auswertung differentieller Expression mit DESeq2
- Visualisierung molekularer Strukturen mit PyMOL, ChimeraX, VMD und Swiss PDB Viewer
- Molekulardocking mit AutoDock Vina und SwissDock
- Nutzung biologischer Datenbanken wie NCBI, OMIM, PDB, EMBL-EBI, UniProt und Pfam für Sequenz- und Funktionsdaten
- Einsatz von Sequenzalignierungs- und Analysetools wie BLAST, Clustal Omega, MAFFT und EMBOSS
- Entwicklung reproduzierbarer Workflows mit Nextflow, Snakemake und nf-core-Pipelines
- Erfahrung im Scripting mit Python und R für Datenanalyse und Automatisierung
Sprachen
Malayalam
MutterspracheTamil
MutterspracheEnglisch
VerhandlungssicherAusbildung
Okt. 2017 - Juni 2024
Bharathiar University
PhD in Bioinformatik · Bioinformatik · Coimbatore, Indien
Okt. 2007 - Juni 2009
Lorem ipsum dolor sit amet
Master in Bioinformatik · Bioinformatik
Okt. 2004 - Juni 2007
Lorem ipsum dolor sit amet
Bachelor in Biochemie · Biochemie
Zertifikate & Bescheinigungen
Maschinelles Lernen mit FOSS
Internationales Zentrum für Free and Open Source Software (ICFOSS), Regierung von Kerala, Trivandrum
R-Sprache
Statistikabteilung, Bharathiar University
Next-Generation-Sequenzierung und Analyse
Universität Kerala, Trivandrum
Klinische Biochemie
United Diagnostic Lab, Coimbatore
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