Cheng X. - Modellvalidierung 2 - Experte

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Katy, Vereinigte Staaten

Erfahrungen

Sept. 2025 - Bis heute

4 Monaten

Modellvalidierung 2 - Experte

Handshake AI

KI-Modelle trainieren und validieren – Biologie.

Apr. 2019 - Mai 2025

6 Jahren 2 Monaten

Bioinformatiker II

GENOVO Inc

Webanwendung für ein Multi-Panel-Bioinformatik-Analysesystem mit J2EE-Plattform entwickeln
Software zur Erkennung somatischer Mutationen in Tumorgewebe für ein Panel (557 Gene) entwickeln und bereitstellen (von Sequenzierungsdaten (BCL oder Fastq) bis zum Befundbericht im klinischen Umfeld)
Software zur Detektion von ctDNA (557 Gene im Panel) mit neu entwickeltem Algorithmus entwickeln und bereitstellen – von umfangreichen Sequenzierungsdaten (BCL oder Fastq) bis zum Befundbericht somatischer Mutationen im klinischen Umfeld)
Automatisches Review-System entwickeln, um den manuellen Prüfprozess zu ersetzen
Datenbank zur Interpretation klinischer Varianten für den internen Gebrauch entwerfen und entwickeln sowie in den klinischen Bericht integrieren
WGS-Detektionssoftware entwickeln und bereitstellen mit einem neu entwickelten Algorithmus für große Sequenzierungsdaten (~600 GB)
Software zur Erkennung somatischer Mutationen in Tumorgewebe nutzen, um CAP PT-Testproben zu analysieren und den CAP PT-Test drei Jahre in Folge zu bestehen
ctDNA-Erkennungssoftware nutzen, um CAP PT-Testproben zu analysieren und den CAP PT-Test zu bestehen
Software zur Clonotypisierung von TCR/BCR CDR3 entwickeln und bereitstellen
Verschiedene Analysen zur Leistungscharakterisierung der Detektion somatischer Mutationen in Gewebe und ctDNA entwerfen und durchführen, einschließlich Präzisionsstudien, analytische Sensitivität – Nachweisgrenze (LoD), Rückverfolgbarkeit, analytische Spezifität und Grenzwertfestlegung
QA-Plan erstellen und Tests für kundenspezifisch entworfene Bioinformatik-Pipelines durchführen
Erhalt von zwei chinesischen Patenten für Biomarker: “Ein Biomarker für die Erkennung von Cholangiokarzinomen und dessen Anwendungen” (ID: CN117512116A) und “Eine Sonde, ein Kit und Anwendungen zur Erkennung von Mikrosatelliteninstabilität (MSI)” (ID: CN117660655A)

Juli 2017 - März 2019

1 Jahr 9 Monaten

Vereinigte Staaten

Wissenschaftler – Abteilung für Epigenetik und molekulare Karzinogenese

MD Anderson Cancer Center

Erforschung der Rolle der Deletion der AT-Hook-Domäne im BRG1 bei der Chromatin-Remodellierung und Transkriptionsregulation
Analyse verschiedener RNA-seq- und verwandter Datensätze (einschließlich PRO-seq, ATAC-seq, RNA-seq, ChIP-seq), um den molekularen Regulationsmechanismus zu erforschen, der dem Wechsel vom Grund- zum Primed-Zustand der Zellen zugrunde liegt

Sept. 2013 - Juni 2017

3 Jahren 10 Monaten

Vereinigte Staaten

Postdoktorand – Human Genome Sequencing Center

Baylor College of Medicine

Genomdatenanalyse im Rahmen einer populationsgenomischen Studie zur Ganzgenomsequenzierung von Rhesusaffen durchführen – von Variantenerkennung und Imputation bis zur nachgelagerten Analyse der Populationsgenomik
Veröffentlichung von “The population genomics of rhesus macaques (Macaca mulatta) based on whole genome sequences” (Genome Research, 2016) und eines weiteren Manuskripts in Begutachtung
Untersuchung der basenbiasierten Evolution krankheitsassoziierter Mutationen im menschlichen Genom und Veröffentlichung von “The base-biased evolution of disease-associated mutations” (Human Mutation, 2016)

Sept. 2010 - Aug. 2013

3 Jahren

Vereinigte Staaten

Wissenschaftlicher Programmierer – School of Public Health

University of Texas Science Health Center at Houston

Forschung in der epidemiologischen Genetik durchführen und genetische Mechanismen für rassische Unterschiede im Energieverbrauch, in der sportlichen Leistungsfähigkeit und bei Fettleibigkeit entdecken
Teilnahme an einem NIH-finanzierten Projekt zur Erforschung des genetischen Hintergrunds von Herzerkrankungen
Datenanalyse und statistische Forschung durchführen

Sept. 2008 - Aug. 2010

2 Jahren

China

Assoziierter Professor

Guangdong Institute for Monitoring Laboratory Animals

Forschung zur Evolution von Duplikatgenen durchführen und ein neues Modell vorschlagen, um die Erhaltung von Duplikatgenen in Genomen zu erklären

Sept. 1995 - Juli 2003

7 Jahren 11 Monaten

China

Systemadministrator

Guangdong Institute for Monitoring Laboratory Animals

Aufbau des Informationsnetzwerks für Labortiere in China als verantwortlicher Projektleiter
Mitwirkung bei der Auswahl von Labortieren für die Toxizitätsüberwachung von Schadstoffen aus der marinen Erdölexploration und -förderung und Entwurf der nationalen Normen „Biologische Toxizitätsklassifizierung für Schadstoffe aus der marinen Erdölexploration und -förderung“ (GB 18420.1-2001) und „Verfahren zur biologischen Toxizitätsprüfung für Schadstoffe aus der marinen Erdölexploration und -förderung“ (GB 18420.2-2001)
Mitwirkung am nationalen Projekt „Histologischer Atlas von Rhesus (Macaca mulatta) und Beagle und Aufbau von Datenbanken“ und eigenständige Erstellung von Datenbanken und Software