Jigyasa S.
TCGA-BRCA Transkriptom-Expressionsanalyse
Erfahrungen
März 2025 - Apr. 2025
2 MonatenTCGA-BRCA Transkriptom-Expressionsanalyse
GitHub-Projekt
- Identifizierte über 500 DEGs in verschiedenen Brustkrebssubtypen mithilfe von PCA, Volcano-Plots und FDR-korrigierten Wilcoxon-Tests.
- Führte GO/KEGG-Enrichment durch, um Subtyp-Pfade (z. B. p53) mit einer Python-Pipeline und grafischen Ausgaben aufzudecken.
Jan. 2025 - Apr. 2025
4 MonatenBoston, Vereinigte Staaten
Protein-Analyse mit LC-MS und AlphaFold
Northeastern University
- Analysierte JAK1 mit 1.154 Aminosäureresten mittels LC-MS, BLAST und AlphaFold, um die Einzigartigkeit von Peptiden und die strukturelle Zuverlässigkeit zu bewerten.
- Berechnete den Cα-Cα-Abstand von 183,9 Å aus PDB und bewertete die Machbarkeit der Top-down-Proteomik basierend auf Struktur und PTMs.
Juli 2024 - Dez. 2024
6 MonatenNatick, Vereinigte Staaten
Data-Science-Praktikant
ActivSignal
- Automatisierte die Verarbeitung von NGS- und qPCR-Daten mit über 10 Mio. Datenpunkten, inklusive statistischer Auswertung, Ausreißererkennung und CV-Analyse.
- Verfeinerte Datenintegration und -visualisierung (Volcano-Plot, Heatmap, PCA/t-SNE) für über 100 Proben und reduzierte die Analysezeit um 50%.
- Parallelisierte die Ausführung von Jobs in Galaxy und optimierte den Ressourceneinsatz über 16–96 vCPUs für die NGS-Verarbeitung.
- Optimierte Galaxy-Workflows auf AWS (LightSail, EC2) und verkürzte durch Läufe mit 48 vCPUs die Verarbeitungszeit für 1 Mrd. Reads um 76%.
- Entwarf ein Echtzeit-Analyse-Dashboard für eine Proteogenix-Plasma-Studie mit 245 Proben und beschleunigte die Berichterstellungszeit um 60%.
- Implementierte molekulares Docking mit AutoDock Vina, um Ligand-Rezeptor-Interaktionen zu optimieren und Bindungsaffinitäten zu bewerten.
Juli 2024 - Aug. 2024
2 MonatenBrustkrebsklassifikation mit ML-Modellen
GitHub-Projekt
- Klassifizierte die Breast Cancer Coimbra-Daten mit logistischer Regression, Random Forest und SVM und erreichte eine balancierte Genauigkeit von 81,7%.
- Verbesserte die Modellleistung durch Feature-Engineering, PCA und Ensemble-Methoden für genauere Vorhersagen.
Feb. 2024 - März 2024
2 MonatenBoston, Vereinigte Staaten
Ratten und MultiQC
Northeastern University
- Führte Qualitätskontrolle an Ratten-Sequenzierungsdaten (SRR10901552) durch und erstellte MultiQC-Berichte.
- Identifizierte den Einfluss von Duplikatentfernung, Trimming und Kontaminantenentfernung auf die Lesequalität.
Aug. 2023 - Dez. 2023
5 MonatenBoston, Vereinigte Staaten
RNA-Seq-Analyse des Transkriptoms von Mus musculus
Northeastern University
- RNA-Seq-Datenanalyse mit Kallisto durchgeführt, um die Genexpression zu quantifizieren und Transkripte zu annotieren.
Jan. 2023 - Apr. 2023
4 MonatenNew Delhi, Indien
Forschungspraktikant
CSIR- Institute of Genomics and Integrative Biology
- Beurteilung von über 10 Tools zur Erkennung somatischer Mutationen durch Literaturrecherche und computergestützte Analyse.
- Anwendung statistischer Methoden zur Bewertung von Genauigkeit, Sensitivität und Spezifität der Tools bei über 1.000 Varianten.
Juni 2022 - Juli 2022
2 MonatenNew Delhi, Indien
Forschungspraktikant
CSIR-Innovation Protection Unit
- Kartierung RT-PCR-basierter COVID-19-Diagnosetools und Durchführung von Docking-Studien an Virusproteinen.
- Einsatz von AutoDock und PyMOL zur Modellierung von Virusproteinen und Simulation von Ligandeninteraktionen und Identifizierung von 4 neuen therapeutischen Zielstrukturen.
Juni 2021 - Juli 2021
2 MonatenNoida, Indien
Studentischer Forschungsassistent
Amity University
- Durchführung einer Studie zur Rolle von Hormonen wie Östrogen und Gonadotropinen bei Alzheimer.
- Untersuchung von Hormoninteraktionen mithilfe der KEGG-Pfadanalyse und Zusammenarbeit mit Fakultätsmitgliedern zur Verfeinerung der Methoden.
Zusammenfassung
Bioinformatik-Masterstudent mit praktischer Erfahrung in Protein-Bioinformatik, Transkriptomik und Machine-Learning-Pipelines für biologische Klassifikation und Enrichment-Analysen. Sucht eine Forschungsposition, um sein Know-how in Programmierung, computergestützter Biologie, Genomik und Datenanalyse einzusetzen.
Sprachen
Englisch
MutterspracheAusbildung
Sept. 2023 - Dez. 2025
Northeastern University
Master of Science, Bioinformatik · Boston, Vereinigte Staaten
Aug. 2019 - Juli 2023
Amity University
Bachelor of Technology, Biotechnologie · Indien
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