Nuno (F. B.) Oliveira
Computergestützter Biochemiker
Erfahrungen
Autor
Journal of Chemical Information and Modeling
CpHMD-Container – ein stochastischer Konstant-pH-MD-Container, der allen zur Verfügung steht. (Manuskript in Vorbereitung)
Autor
Journal of Chemical Information and Modeling
Verbesserung der Abschätzung der pKa-Werte aller titrierbaren Aminosäuren an der Wasser/Membran-Grenzfläche (Im Begutachtungsprozess)
Autor
Journal of Chemical Theory and Computation
Auf dem Weg zu genauen pH-abhängigen Bindungskonstantenvorhersagen mittels molekularem Docking und Konstant-pH-MD-Berechnungen.
Autor
Biophys. J.
Konstant-pH-MD-Simulationen des protonierungsinduzierten konformationellen Umschaltens in der Translokationsdomäne des Diphtherietoxins
Autor
Pharmacol. Res.
Eine neuartige Kombinationstherapie gegen einen CDDP-resistenten nicht-kleinzelligen Lungenkrebs auf Basis einer Ruthenium(II)-Cyclopentadienyl-Verbindung
Autor
Journal of Chemical Information and Modeling
Grenzflächendynamik und Wachstumsmodi von B2-Mikroglobulin-Dimeren
Autor
Journal of Medicinal Chemistry
Bekämpfung der Mehrfachresistenz mit Ruthenium-Cyclopentadienyl-Verbindungen: Aufdeckung des Mechanismus der P-gp-Hemmung
Autor
Toxins
Histidinprotonierung und Konformationsumschaltung in der Translokationsdomäne des Diphtherie-Toxins
Autor
J. Chem. Inf. Model.
MembIT - ein Werkzeug zur Berechnung von Solut-Membraneinfügungen und -verformungen in Molekulardynamik-Simulationen
Autor
Journal of Chemical Information and Modeling
Neues US-CpHMD-Protokoll zur Untersuchung des protonierungsabhängigen Mechanismus des ATP/ADP-Carriers
Autor
Computational and Structural Biotechnology Journal
Vorhersage stabiler Bindungsmodi aus simulierten Dimeren des D76N-Mutanten des B2-Mikroglobulins
Autor
Springer US
pKa-Berechnungen in Membranproteinen in Methoden der Molekularbiologie: Computational Design of Membrane Proteins, Band 2315, Herausgeber: Irina Moreira, Joana Mourão, Miguel Machuqueiro. Im Druck.
Autor
Journal of Chemical Theory and Computation
Verbesserte GROMOS 54A7-Ladungssätze für phosphorylierte Tyr-, Ser- und Thr-Reste zur Behandlung pH-abhängiger Bindungsphänomene
Zusammenfassung
Computergestützter Biochemiker, derzeit im Machuqueiro Computational Biophysics Lab tätig, spezialisiert auf konstantes-pH-MD, erweiterte Sampling-Methoden, Membranbiophysik und KI-gestützte Peptid-/Wirkstoff-Entwicklung.
Erfahren in der Anwendung computergestützter Techniken auf gesundheitsbezogene Fragestellungen, in der Kraftfeldentwicklung und in interdisziplinärer Zusammenarbeit zwischen Rechen- und Nasslaborteams.
Fähigkeiten
Programmierung & Werkzeuge
- Python, Bash, Awk, Sed
- Docker- & Singularity-containerisierung
- Git, Linux/unix-umgebungen
- Integration Von Ki/ml-modellen Für Wirkstoff-/peptiddesign
Modellierungs- & Simulationswerkzeuge
- Md, Erweitertes Sampling (Us, Reus), Stochastisches Cphmd
- Gromacs-, Amber-, Charmm- Und Gromos-kraftfelder
- Docking (Autodock, Haddock)
- Kontinuum-elektrostatik, Modellierung Von Membransystemen
Fachgebiete
- Ph-abhängiges Protein-/wirkstoffverhalten
- Biophysik Biologischer Membranen
- Peptidbinder-design
- Konformationelle Dynamik Von Proteinen
Sprachen
Ausbildung
Universität Lissabon
Ph.D. in Biochemie · Biochemie · Lisbon, Portugal
Universität Lissabon
MSc in Biochemie · Biochemie · Lisbon, Portugal
Universität Lissabon
BSc in Biochemie · Biochemie · Lisbon, Portugal
Profil
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